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粪污水首先通过格栅拦截去除大直径的杂物如胎衣、塑料袋等，自流进入沉砂池经过沉砂后，污水进入集污池，进行水质、水量调节。
再提升至固液分离机进行固液分离，分离去除污水中大部分的粪渣颗粒。分离出的干粪渣进行堆肥处理制造有机肥，滤液进入沼气池（厌氧发酵法），去除大部分COD，同时产生沼气，产生沼液经厌氧沉淀池沉淀后进入后续生化处理系统。
厌氧池出水进入A/O生化系统，在缺氧池内以进水中的有机物作为反硝化的碳源和能源，以回流水中的硝态氮作为反硝化的氧源，利用兼性卤进行反硝化脱氮反应，使污水中的NH3-N转化为N2，达到脱氮的目的，并使部分有机物降解，以减轻好氧池的负荷。在好氧池内用鼓风机进行搅拌及充氧，通过好氧菌、硝化菌等各种菌群的作用，大大降低污水中有机物。好氧池出水排至二沉池后进一步泥水分离，上清液进入人工湿地自然净化后，排放入污水城市管网。
厌氧沉淀池、二沉池污泥直接排入沼气池。沼气池排出来沼渣，在污泥干化场晾晒、干化，然后运到有机肥场做有机肥；污泥干化场滤液回流至与原有沼气池出水混合后再进入沼气池。此工艺可分为四个部分：前处理系统、黑膜沼气池系统、A/O生化系统、和沼气利用系统。